Intel, Lenovo e BGI Genomics di Shenzhen, Cina, stanno collaborando per accelerare l’analisi delle caratteristiche genomiche del coronavirus (COVID-19).
Gli esperti di tecnologia e scienze della vita di Intel e Lenovo lavoreranno insieme per supportare i ricercatori di BGI con le tecnologie di analisi dei big data e risorse informatiche, per avanzare sul piano del sequenziamento e analisi delle caratteristiche genomiche del coronavirus.
Intel e Lenovo forniscono a BGI un grande cluster di High performance computing per elaborare letture ad alta velocità dal sequenziatore BGI DNBSEQ-T7.
I ricercatori di BGI Genomics avranno accesso alle tecnologie di calcolo ad alte prestazioni (HPC) e di analisi della genomica, alle risorse e alle competenze di Intel e Lenovo, per accelerare la loro ricerca sulle caratteristiche genomiche del coronavirus.
La tecnologia aiuterà gli scienziati a studiare la virulenza, i modelli di trasmissione e le interazioni ospite-patogeno, che informeranno gli studi epidemiologici e di progettazione dei vaccini.
Sono necessarie così ampie basi per creare metodi diagnostici migliori e progettare un vaccino efficace o altre misure protettive, come le immunoterapie.
Come risultato di questo lavoro, BGI continuerà a ottimizzare i propri kit diagnostici COVID-19. La conoscenza sviluppata potrebbe essere utile per identificare potenziali obiettivi per sviluppare un vaccino o un trattamento efficace in futuro.
La soluzione è ottimizzata congiuntamente da Intel e Lenovo per accelerare i flussi di lavoro di chiamata di varianti dell’intero genoma e dell’intero esoma fino a 40X1 utilizzando lo strumento di ottimizzazione e scalabilità genomica di Lenovo (GOAST), la prima soluzione Intel Select verificata per Genomics Analytics.
Ciò consentirà a BGI di ottimizzare i propri processi informatici e l’elaborazione efficiente dei dati per generare risultati di analisi genomiche affidabili più rapidamente, riducendo i tempi di osservazione scientifica e clinica.
Per il sequenziamento della genomica, 1 ml di liquido corporeo generalmente contiene uno sciame di milioni di virioni diverse; ogni virione, a sua volta, ha un genoma di circa 30.000 basi o “lettere” di DNA.
Dato che BGI sta sequenziando sciami di microbi da molti pazienti con sospetta infezione, il loro lavoro genererà petabyte di dati. Per elaborare in modo efficiente questa quantità di dati importanti servono un’infrastruttura HPC avanzata, tecnologie di elaborazione e analisi della genomica ottimizzate.
