Ricerca sul genoma umano in Italia

Il centro di ricerca della Sardegna usa tecnologia Emc.

L'attività di ricerca sul genoma ruota intorno all'acquisizione di informazioni utili per individuare le eventuali implicazioni di alterazioni nella sequenza del Dna nello sviluppo di patologie nell'uomo e comprendere le basi genetiche dell'evoluzione e del funzionamento dell'organismo. Lo scopo è la descrizione completa del genoma mediante sequenziamento, cioè l'identificazione delle coppie di basi azotate che formano il Dna e mappare le migliaia di geni del genoma umano.

L'operazione di sequenziamento del Dna di un singolo individuo dura circa una settimana, ha un costo che arriva ad alcune decine di migliaia di euro e produce una quantità di informazioni che richiede capacità di storage sino a 8 Tb. Lo spiega, in una nota di Emc, Lidia Leoni, Direttore Infrastrutture Servizi, Calcolo e Reti del Csr4 (Centro di Ricerca Sviluppo e Studi Superiori) di Pula (Cagliari), operante nel Parco Tecnologico della Sardegna.

Si tratta di una quantità di informazioni che è oggetto di elaborazioni che portano a ottenere un file di testo, dell'ordine dei Gigabyte e che rappresenta il genoma umano della persona. Il file viene conservato a lungo mentre i Terabyte originali vengono cancellati dopo un breve periodo.

Per supportare questo progetto è sorta con il tempo l'esigenza di un'infrastruttura storage dedicata che fornisse garanzie di performance, funzionalità e scalabilità per far fronte alla quantità crescente di informazioni da gestire.

I criteri di scelta per la tecnologia da usare allo scopo, rivela Leoni, si sono basati per il 70% sulla valutazione tecnica del prodotto e per il 30% su quella economica.

Il Crs4 ha così optato per i sistemi di Emc, fornitigli dal partner Sinergy. Si tratta di due Celerra Ns-480: uno dotato di dischi Fiber Channel per una capacità complessiva di 50 Tb e l'altro equipaggiato con dischi Sataper 200 Tb totali.
Sono sistemi multi protocollo che supportano contemporaneamente connettività Nas (Cifs, Nfs) iScsi e Fiber Channel.

Nei sistemi Celerra Ns 480 vengono registrati sia i Tb delle informazioni e immagini generate dalle macchine sequenziatrici, mantenute in linea per un periodo di tempo limitato, sia i file ottenuti dalle successive elaborazioni per un'archiviazione a lungo termine.

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